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Michael Wazowski, detto "Mike", è un piccolo mostro verde con un solo occhio e frequenta la scuola elementare. Egli viene deriso da tutti perché non è capace di spaventare. Tuttavia, lui vuole diventare proprio uno spaventatore professionista e ha modo di vedere il lavoro di un vero spaventatore durante la gita scolastica alla Monsters & Co., la centrale elettrica cittadina che ricava l'energia tramite le urla dei bambini spaventati. I mostri spaventatori passano attraverso porte speciali che li conducono al mondo degli umani. Al loro arrivo, uno di questi confida ai piccoli mostri in visita di aver imparato l'arte dello spavento alla Monsters University (MU), la miglior scuola di spavento della città. Mike, incuriosito dalle parole dello spaventatore, riesce ad osservarlo da vicino dopo essere entrato nella porta da questi utilizzata e rimane folgorato dalla bellezza del suo lavoro.
Raggiunti i diciotto anni, Mike decide così di iscriversi alla Facoltà di Spavento della Monsters University. Qui conosce Randall Boggs detto "Randy", suo compagno di stanza e James P. Sullivan detto "Sulley", figlio del rinomato spaventatore Bill Sullivan. Conosce anche il Professor Knight, l'insegnante del corso base di Spavento, ed il rettore della MU, Prof.ssa Abigail Tritamarmo, detentrice del record di spavento. Quest'ultima informa gli studenti che, al termine del semestre, verrà effettuato un esame per verificare il livello di spavento raggiunto dalle matricole; chi non lo supererà, non proseguirà il corso.
Nonostante tutti lo considerino non adatto a frequentare il corso di spavento, Mike è fortemente convinto di superare l'esame con lo studio e comincia subito a darsi da fare, rinunciando anche all'invito di Randy a partecipare alla festa organizzata dalle confraternite della MU. Tuttavia, finisce accidentalmente alla festa perché Archie (il maialino mascotte della scuola rivale Fear Teach), insieme a Sulley che lo stava inseguendo, entra nella stanza del mostro verde e gli ruba il cappello da studente MU. Dopo una serie di peripezie, Mike riesce a prendere Archie, ma Sulley si prende ingiustamente tutti i meriti; quest'ultimo, invece di ringraziare Mike, lo denigra pubblicamente davanti a tutti dicendogli che non è abile a spaventare ed entra nella confraternita della ROR, nella quale fanno parte i migliori studenti spaventatori della MU. Da quel momento, i due si mettono in competizione, ma Mike, grazie allo studio, riesce ad essere più preparato nell'arte dello spavento dell'indisciplinato Sulley, nonostante quest'ultimo abbia maggiori capacità di spavento rispetto a Mike.
Nel giorno dell'esame, i due, a seguito di un battibecco, finiscono per distruggere il contenitore di energia commemorativo del record di Tritamarmo presente in aula. A quel punto, il rettore decide di non far proseguire il corso né a Mike né a Sulley. Al primo perché non sa spaventare, nonostante abbia una notevole preparazione di base sullo spavento; al secondo per mancanza di disciplina, nonostante egli possieda il talento dello spavento. Il fatto delude fortemente i componenti della ROR, togliendo a Sulley la sua maglietta della confraternita.
Mike non ha alcuna intenzione di perdere il corso di spavento, e per dimostrare a Tritamarmo di essere abile in questa materia, partecipa, tra lo scetticismo generale, alle Spaventiadi, una serie di gare di spavento, insieme alla confraternita Oozma Kappa (OK) di cui è membro (far parte di una confraternita composta da almeno sei membri è il requisito necessario per la partecipazione). Con Tritamarmo, Mike strappa una scommessa: se egli vince, verrà ammesso al corso di spavento insieme agli altri membri della sua confraternita, altrimenti dovrà lasciare la MU. Nell'OK manca, però, ancora un membro per permettere la sua iscrizione, poiché uno di loro (Terry e Terri Perry) viene considerato un unico mostro, nonostante possegga due teste. Dopo che Mike ha ricevuto il rifiuto di Randy ad entrare nella confraternita dell'OK come sesto membro, poiché già facente parte della ROR, è Sulley ad entrare nell'OK, così da poter avere anch'egli la possibilità di venire ammesso al corso di spavento.
Le premesse non sono delle migliori. A parte Sulley, Mike e gli altri membri dell'OK (Don Carlton, Terri e Terry Perry, Art, Scott "Squishy" Squibbles) non sono capaci di spaventare. Inoltre, Mike e Sulley, per via dei loro attriti, non giocano di squadra. Questo penalizza i membri dell'OK nella prima prova delle Spaventiadi. La confraternita di Mike e Sulley arriva ultima, ma viene clamorosamente ripescata a causa della squalifica, per comportamento scorretto, di una delle confraternite in gara. Nella seconda prova, è l'indisciplina di Sulley a compromettere il proseguo nella competizione della confraternita; tuttavia, l'OK riesce a cavarsela e si qualifica per la fase successiva.
Da quel momento, i componenti dell'OK sembrano essere maggiormente considerati e vengono invitati ad una festa. In realtà vengono derisi e umiliati, con tanto di articolo in prima pagina nel giornale universitario. Questo sembra comportare lo scioglimento della confraternita, ma Mike non si perde d'animo e porta i suoi amici presso la Monsters & Co.. Qui, Mike fa loro osservare l'operato di uno spaventatore professionista, facendo notare che ognuno di questi utilizza le sue abilità migliori per spaventare. Dicendo ai suoi amici di fare altrettanto, Mike infonde maggiore fiducia in loro stessi, facendo così ricompattare la confraternita. Anche Sulley si avvicina a Mike, dopo aver scoperto di avere in comune la passione per le figurine di spaventatori.
Da quel momento, l'OK, attraverso duri allenamenti e seguendo alla lettera i consigli di Mike, scaturiti dalle sue eccellenti conoscenze nell'arte dello spavento, diventa una squadra competitiva e supera brillantemente, tra lo stupore generale, tutte le prove. Sulley, però, si fa convincere dal rettore Tritamarmo che Mike, pur impegnandosi, non sarà mai in grado di spaventare, per via del suo aspetto poco terrificante. La notte prima dell'ultima prova delle Spaventiadi, Sulley decide di insegnare qualche espressione di spavento a Mike, trasmettendo al piccolo mostro verde ancora più fiducia di quella che già aveva; difatti, gli sforzi dell'OK sono stati premiati con la vittoria: decisivo è stato Mike, con uno spavento che ha toccato l'energia massima. In realtà, il congegno del simulatore utilizzato per la prova di spavento è stato manomesso da Sulley nel momento in cui sarebbe toccato a Mike, in maniera tale che il dispositivo raggiungesse la massima energia anche con il minimo rumore. Mike se n'è accorto e rimane deluso dal comportamento di Sulley, così come gli altri componenti dell'OK.
Mike, non ancora convinto dell'idea di non saper spaventare, entra nel laboratorio della MU e utilizza un prototipo di porta speciale per tentare uno spavento nel mondo umano, infrangendo il regolamento universitario. Una volta varcata la porta, Mike si ritrova in un orfanotrofio e scopre, con suo grande dispiacere, di non incutere paura ai bambini, bensì procura l'effetto opposto. Sulley, sentendosi in colpa per la bravata di Mike, oltrepassa la porta per riportare il suo amico alla MU; nel mondo umano, i due si chiariscono e ritornano alla porta, ma aprendola non trovano il laboratorio, bensì solo l'interno di un armadio, poiché il rettore decide di spegnere la porta fino all'arrivo delle autorità. I due si ritrovano nel mondo umano, senza apparente via di scampo, accerchiati da poliziotti che stavano dando la caccia a Sulley.
Sulley, impaurito, vuole svignarsela, ma Mike ha la brillante idea di far tentare al suo amico uno spavento, letto in un libro, in grado di incutere paura agli adulti il quale, se ben applicato, produrrebbe uno spavento sufficiente a riattivare la porta di passaggio tra i due mondi. Sulley, grazie a Mike, ci riesce e non solo attiva la porta facendo ritornare lui e il suo amico nel mondo dei mostri, ma addirittura fa esplodere tutti i contenitori di energia presenti nel laboratorio. Tritamarmo rimane stupefatta da quello che è successo, ma è costretta, su pressione delle autorità, ad espellere i due mostri dalla MU.
Prima di andarsene, Mike e Sulley salutano i loro amici dell'OK e scoprono che Tritamarmo li ha ammessi al corso di spavento. Salutato anche Sulley, Mike lascia l'università, conscio di non saper spaventare, ma Sulley lo ferma e gli spiega che senza il suo aiuto non sarebbe mai diventato un abile spaventatore e non potrebbe mai rimanere tale se dovessero separarsi. La stessa Tritamarmo, accorsa per congratularsi di ciò che avevano fatto nel laboratorio universitario, fa notare che, unendo le loro abilità, potrebbero fare molta strada insieme. A quel punto, i due iniziano a lavorare insieme nel reparto corrispondenze della Monsters & Co., e non si separeranno più. Effettivamente, come fanno intuire i titoli di coda, essi intraprendono insieme varie attività, quali la costituzione di una squadra di pulizie, l'apertura di una caffetteria, l'attività di servizio di minestre, fino a raggiungere il loro sogno: rappresentare uno dei team di spaventatori della Monsters & Co., in cui Sulley è lo spaventatore e Mike il suo assistente.