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Personaggi principali
* Mega Man: personaggio principale su cui ruota attorno l'intera vicenda. Realizzato su base umana dal dr. Light quando era ancora un ragazzino, appartiene ad una razza del tutto diversa dai normali reploidi. È infatti in grado di provare emozioni come qualsiasi essere umano. Dotato di possibilità di modificare il chip del suo buster con l'arma del nemico sconfitto. Col tempo il suo aspetto ha subito un notevole cambiamento e le sue potenzialità sono cresciute anche grazie ad upgrade vari per la sua armatura. Negli originali giapponesi è chiamato RockMan: non sono ben chiare le ragioni per il suo cambiamento di nome nelle versioni occidentali da parte di CapCom.
* Protoman: robot prototipo di Mega Man realizzato dallo stesso dr. Light. Inferiore a Rockman pressoché sotto ogni aspetto, nonostante questo è sempre stato in grado di spalleggiarlo nei momenti di bisogno. Un tempo nutriva una qualche forma di gelosia nei confronti di Mega Man e talvolta si è battuto con lui nel tentativo di mostrare la sua superiorità. Il suo più grosso punto di forza è lo scudo che porta sempre con sé, che lo ripara da molti tipi di attacco. Appare nella sola prima tranche di titoli. Negli originali giapponesi è chiamato Blues.
* Dr. Light: creatore di Protoman, Mega Man, Roll e molti altri robot costruiti con lo scopo di aiutare gli esseri umani a svolgere le mansioni più difficili. Muore al termine della prima serie di 9 episodi lasciando nelle mani del suo pupillo Mega Man la realizzazione del suo sogno di sempre: uomini e reploidi che convivono in un mondo di pace ed armonia.
* Roll: è la "sorella" di Mega Man, dal momento che il dr Light ha voluto costruirla affinché l'eroe avesse qualcuno della sua "specie" con cui collaborare. Fra loro si sviluppa subito un grande affetto. Pur avendo spirito di battaglia da vendere, Roll non è in grado di combattere poiché non possiede armi e tanto meno è in grado di farne uso. È stato concepito come semplice aiutante di laboratorio. Appare solamente nella prima saga e nella serie Legends.
* Dr.Wily: un tempo compagno di studi e ottimo amico del dr Light, Wily si ribella a quest'ultimo impossessandosi di 6 dei suoi robot, manomettendoli con l'intendo di impadronirsi del mondo. Le sue prime invenzioni furono disastrose ma col tempo si mise al pari del suo ex collega e riuscì a costruire un androide dalle complicate fattezze come Zero, che poi destino vorrà trasformare nel migliore amico di Mega Man. È il nemico finale di tutti gli episodi fino alla serie X.
* Zero: costruito dal dr. Wily in un periodo sconosciuto e per scopi non ancora del tutto chiari, Zero fu in principio un reploide malvagio e crudele, ma destino volle che nel corso di una battaglia con l'allora capo delle truppe dei maverick hunters Sigma, egli perdesse quasi la vita, intaccando col virus infetto di Wily presente nel suo corpo proprio lo stesso Sigma che da allora divenne dissidente. Zero, trovato in fin di vita dal dr Cain, lo stesso che rinvenne la capsula di X dopo la morte di Light, venne rimesso in sesto e divenne un essere nuovo che combatte per la giusta causa. Ignaro in principio delle sue azioni passate, lotta al fianco di X contro le forze di Sigma finché comincia a sognare delle sue azioni passate, prendendo coscienza di chi egli fosse inizialmente.
* Sigma: inizialmente capo delle truppe anti-maverick, diviene egli stesso maverick dopo l'incontro con Zero. È il nemico che caratterizza l'intera serie di Mega Man X. In genere le sue tattiche combattive non sono complicate ma arrecano un notevole danno.
* Bass: (Forte in Giappone) Conosciuto come il robot più potente mai creato dal dr. Wily (viene presentato così nel booklet del gioco), Bass combatte contro le forze del male in un'unica occasione, ovvero il capitolo finale della serie classica di Mega Man, Mega Man & Bass. Il dr. Wily crea un nuovo robot, King; Bass, indispettito e sentendosi snobbato, decide di dimostrare a tutti di essere il robot più potente, cercando di sconfiggere King prima che il suo rivale Rockman possa arrivare a far giustizia. Questo gioco uscì per Super Famicom nel 1998 ma solo in versione giapponese (col nome Rockman & Forte); ne venne poi distribuita una versione per Game Boy Advance nel 2003. È da notare che questo è l'ultimo gioco per SNES ad essere prodotto da una casa che non fosse la Nintendo.